微生物肥料是指一类含有活的微生物，在使用中能达到特定的肥料效应的生物制剂，亦称生物菌肥。能促进物质、能量的转换和循环利用，可以降解废弃物，提高土壤肥力和活性，改善果品品质，有利于食品安全和环境保护，对现代果业的发展具有重要意义。

对果品品质的影响在苹果、葡萄、梨、草莓和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，微生物肥料明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。苹果可溶性固形物由14.1%提高到15.6%，桃由10.1%提高到11.3%，葡萄由15.1%提高到16.6%；苹果的糖酸比由19.6提高到28.2。
果树产量的影响在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用微生物肥料有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，果园施用微生物肥料后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、27.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，葡萄增加28.4%。

对树体生长发育的影响研究表明，设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率，比对照提高45.6%；成熟期提前，比对照早熟10~12天。在设施草莓上施用微生物肥料后，植株生长明显改善，所有指标均高于对照。
对土壤理化性质的影响研究结果表明，施用微生物肥料后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物数量，土壤透气性得到改善，有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放。在盆栽葡萄上的研究结果表明，施用微生物肥料后，盆栽葡萄土壤中放射菌和细菌等有益菌的数量明显增加，其中放射菌含量达到7.6×108，是鸡粪和牛粪的200多倍，比羊粪也高出80多倍。